Программное обеспечение суперкомпьютера НИУ ВШЭ

Уважаемые пользователи!

Вы можете самостоятельно устанавливать программные пакеты в свой каталог на суперкомпьютере. В случае если у вашей научной группы есть сложности с установкой какого-либо открытого программного обеспечения на суперкомпьютер или если вы считаете, что какое-либо ПО должно быть установлено централизованно и быть доступным для всех пользователей, оставьте заявку на портале поддержки пользователей.

Для работы с установленным программным обеспечением используйте команду module (см. использование модулей).

Прикладное программное обеспечение

Наименование	Описание
Abinit	ПО для расчета оптических, механических, вибрационных и других наблюдаемых свойств материалов.
Amber	ПО для биомолекулярного моделирования
BEAST, BEAST2	Программный пакет для филогенетического анализа с акцентом на масштабированные по времени деревья.
CP2K	Программный пакет для квантовой химии и физики твердого тела, предназначенный для выполнения атомистического моделирования твердотельных, жидких, молекулярных, периодических, материальных, кристаллических и биологических систем
fMRIPrep	Многофункциональный конвейер предварительной обработки данных магнитно-резонансной томографии (ФМРТ).
GNU Octave	Свободная система для математических вычислений, использующая совместимый с MATLAB язык высокого уровня.
GROMACS	Пакет программ для моделирования физико-химических процессов в молекулярной динамике.
IQ-TREE	Программный пакет для филогенетического вывода с использованием критерия максимального правдоподобия (ML - maximum likelihood).
LAMMPS	Программный пакет для решения задач молекулярной динамики. Обеспечивает возможность расчётов особо крупных задач (до десятков миллионов атомов).
MATLAB Full Suite	Среда и язык технических расчетов, предназначенный для решения широкого спектра инженерных и научных задач любой сложности в любых отраслях. Дополнительно установлены библиотеки для расширения возможностей MATLAB.
OpenBUGS, JAGS	Программные пакеты для анализа байесовских иерархических моделей с использованием моделирования цепей Маркова Монте-Карло (MCMC).
Quantum ESPRESSO	Программный пакет для расчетов электронной структуры и моделирования материалов на наноуровне. Основан на теории функционала плотности, плоских волнах и псевдопотенциалах.
Stata	Пакет статистического программного обеспечения общего назначения для обработки данных, визуализации, статистики и автоматизированной отчетности.

Датасеты

Пользователям суперкомпьютера доступны датасеты для обучения моделей.

Системное программное обеспечение

Наименование	Описание
HPC TaskMaster	Система мониторинга эффективности задач, разработанная в НИУ ВШЭ, и доступная для всех пользователей суперкомпьютера (инструкция).
Python 3 (Anaconda v11.2021)	Дистрибутив языков программирования Python, включающий набор популярных свободных библиотек, объединённых проблематиками науки о данных и машинного обучения (инструкция).
JupyterHub HPC	Веб-сервис для запуска Jupyter-ноутбуков на вычислительных узлах суперкомпьютера (инструкция).
PyTorch	Фреймворк машинного обучения для языка Python
Singularity	Контейнерная платформа с открытым исходным кодом, обладающая простотой, быстротой и безопасностью. Среди множества контейнерных платформ именно Singularity отличается удобством использования в средах высокопроизводительных вычислений (HPC) (инструкция).
Intel oneAPI (Parallel Studio XE Cluster Edition)	Набор компиляторов и инструментов для разработки программного обеспечения, упрощающий и ускоряющий создание быстродействующих приложений. Благодаря использованию технологий векторизации, многопоточности, параллелизации и оптимизации использования памяти, можно достичь значительного ускорения быстродействия приложений, запускаемых на процессорах Intel (инструкция).
GNU Compiler Collection	Набор компиляторов для различных языков программирования, разработанный в рамках проекта GNU.
NVIDIA CUDA	Программно-аппаратная архитектура параллельных вычислений, которая позволяет существенно увеличить вычислительную производительность благодаря использованию графических процессоров фирмы Nvidia.
R	Язык программирования для статистической обработки данных и работы с графикой, а также свободная программная среда вычислений с открытым исходным кодом в рамках проекта GNU (инструкция).
Java 8 JDK	Комплект разработчика приложений на языке Java, включающий в себя компилятор Java, стандартные библиотеки классов Java, примеры, документацию, различные утилиты и исполнительную систему Java.
Julia	Высокоуровневый высокопроизводительный свободный язык программирования с динамической типизацией, созданный для математических вычислений. Эффективен также и для написания программ общего назначения.

Специализированные программные библиотеки

Наименование	Описание
OpenPose	Библиотека для обнаружения ключевых точек в режиме реального времени для оценки тела, лица, рук и ног.
FFTW	Библиотека для вычисления дискретных преобразований Фурье.
ANGSD, SAMtools, HTSlib	Утилиты и библиотеки для обработки фрагментов секвенированной ДНК.
BEAGLE	Высокопроизводительная библиотека, используемая для филогенетического анализа.
cnpy	Библиотека для возможности использования в C++ массивов из NumPy, сохранённых в форматах .npy и .npz.
AdmixTools	Библиотеки и утилиты для обработки популяционных данных.
OpenBLAS	Реализация API-интерфейсов BLAS и LAPACK с открытым исходным кодом с множеством вручную созданных оптимизаций для конкретных типов процессоров.
GraphicsMagick	Многофункциональная библиотека для обработки изображений с поддержкой OpenMP.
GSL	Математическая библиотека для численных вычислений.

Операционная система: CentOS 7.9
Программный пакет для администрирования суперкомпьютера: OpenHPC 1.3.6, Warewulf 3.8.1
Менеджер сети InfiniBand: OpenSM 5.3.0
Компиляторы: Intel oneApi 2021 Update 2 (Parallel Studio), GNU Compilers Collection (версии: 12.1; 10.1.0 (поддержка GO и -std=c++20); 9.3.0 (поддержка GO и -std=c++17); 8.3.0; 7.3.0; 5.4.0)
Библиотеки для параллельных вычислений: Intel MPI 2019 (рекомендуется), Open MPI 3/4 (рекомендуется), MVAPICH 2.3, MPICH 3.2
Система управления заданиями: Slurm 21.08
Системные профилировщики: Gprof 2.27-34, Perf 3.1
Программное обеспечение для мониторинга: Nagios, Ganglia, Grafana, самостоятельно разработанное
Управление пользовательским окружением: Lmod 8.1.18
Поддержка GPU: драйверы Nvidia 515.43.04, CUDA 10/11
Фреймворки машинного обучения: TensorFlow (+Keras), PyTorch и другие

Нашли опечатку?
Выделите её, нажмите Ctrl+Enter и отправьте нам уведомление. Спасибо за участие!
Сервис предназначен только для отправки сообщений об орфографических и пунктуационных ошибках.

Отдел суперкомпьютерного моделирования

Программное обеспечение суперкомпьютера НИУ ВШЭ

Прикладное программное обеспечение

Датасеты

Системное программное обеспечение

Специализированные программные библиотеки