Программное обеспечение суперкомпьютера НИУ ВШЭ

Уважаемые пользователи!

Вы можете самостоятельно устанавливать программные пакеты в свой каталог на суперкомпьютере. В случае если у вашей научной группы есть сложности с установкой какого-либо открытого программного обеспечения на суперкомпьютер или если вы считаете, что какое-либо ПО должно быть установлено централизованно и быть доступным для всех пользователей, оставьте заявку на портале поддержки пользователей.

На суперкомпьютере в общей директории установлены некоторые общеизвестные наборы данных (см. наборы данных).

Для работы с установленным программным обеспечением используйте команду module (см. использование модулей).

Прикладное программное обеспечение

 

Наименование	Описание
Abinit	ПО для расчета оптических, механических, вибрационных и других наблюдаемых свойств материалов.
Amber	Набор программ для биомолекулярного моделирования.
BEAST, BEAST2	Программный пакет для филогенетического анализа с акцентом на масштабированные по времени деревья.
CP2K	Программный пакет для квантовой химии и физики твердого тела, предназначенный для выполнения атомистического моделирования твердотельных, жидких, молекулярных, периодических, материальных, кристаллических и биологических систем.
DeePMD-kit	Инструмент для исследования материалов на основе машинного обучения.
Elegant	ПО для моделирования и оптимизации работы ускорителей частиц, обеспечивающее точные расчеты траекторий пучков и динамики частиц в сложных системах.
fMRIPrep	Многофункциональный конвейер предварительной обработки данных магнитно-резонансной томографии (ФМРТ).
FreeSurfer	Программный пакет для автоматической обработки и анализа МРТ головного мозга, включающий сегментацию структур, реконструкцию кортикальной поверхности и расчёт морфометрических характеристик.
FSL	Программный пакет для анализа данных МРТ и фМРТ, включающий инструменты предобработки, сегментации, регистрации, статистического моделирования и диффузионного анализа.
GNU Octave	Свободная система для математических вычислений, использующая совместимый с MATLAB язык высокого уровня.
GROMACS	Пакет программ  для моделирования физико-химических процессов в молекулярной динамике.
IQ-TREE	Программный пакет для филогенетического вывода с использованием критерия максимального правдоподобия (ML - maximum likelihood).
LAMMPS	Программный пакет для решения задач молекулярной динамики. Обеспечивает возможность расчётов особо крупных задач (до десятков миллионов атомов).
MATLAB Full Suite	Среда и язык технических расчетов, предназначенный для решения широкого спектра инженерных и научных задач любой сложности в любых отраслях. Дополнительно установлены библиотеки для расширения возможностей MATLAB.
OpenBUGS, JAGS	Программные пакеты для анализа байесовских иерархических моделей с использованием моделирования цепей Маркова Монте-Карло (MCMC).
OpenFOAM	ПО для моделирования течений жидкостей и газов, теплопереноса, многокомпонентных и многофазных процессов в инженерных и научных задачах.
OpenMX	Программный пакет для квантово-механического моделирования материалов на основе метода плотностного функционала (DFT). Позволяет рассчитывать электронную структуру, магнитные свойства и динамику атомов в молекулах, кристаллах и наноструктурах.
Quantum ESPRESSO	Программный пакет для расчетов электронной структуры и моделирования материалов на наноуровне. Основан на теории функционала плотности, плоских волнах и псевдопотенциалах.
Smilei	Программное обеспечение для проведения сложных численных исследований в области физики плазмы.
Stata	Пакет статистического программного обеспечения общего назначения для обработки данных, визуализации, статистики и автоматизированной отчетности.
VASP	Пакет квантово-механического моделирования для расчета электронной структуры, моделирования материалов и анализа свойств твердых тел с использованием метода функционала плотности (DFT).
WarpX	Пакет численного моделирования плазмы методом частиц в ячейках (PIC) для исследования лазерно-плазменных взаимодействий, ускорения частиц и коллективных процессов с поддержкой параллельных вычислений (MPI) и GPU-ускорения.

Системное программное обеспечение

 

Наименование	Описание
VS Code и Cursor	Редакторы исходного кода, предназначенные для разработки программного обеспечения и работы с проектами на разных языках программирования. Поддерживают навигацию по коду, автодополнение, поиск, отладку, работу с Git и расширениями и интеграцию с ИИ.
HPC TaskMaster	Система мониторинга эффективности задач, разработанная в НИУ ВШЭ, и доступная для всех пользователей суперкомпьютера (инструкция).
Python 3 (Anaconda/Miniconda)	Дистрибутив языков программирования Python, включающий набор популярных свободных библиотек, объединённых проблематиками науки о данных и машинного обучения (инструкция).
JupyterHub HPC	Веб-сервис для запуска Jupyter-ноутбуков на вычислительных узлах суперкомпьютера (инструкция).
PyTorch	Фреймворк машинного обучения для языка Python.
Apptainer (Singularity)	Контейнерная платформа с открытым исходным кодом, обладающая простотой, быстротой и безопасностью.  Среди множества контейнерных платформ именно Apptainer/Singularity отличается удобством использования в средах высокопроизводительных вычислений (HPC) (инструкция).
Intel oneAPI	Набор компиляторов и инструментов для разработки программного обеспечения, упрощающий и ускоряющий создание быстродействующих приложений. Благодаря использованию технологий векторизации, многопоточности, параллелизации и оптимизации использования памяти, можно достичь значительного ускорения быстродействия приложений, запускаемых на процессорах Intel (инструкция).
GNU Compiler Collection	Набор компиляторов для различных языков программирования, разработанный в рамках проекта GNU.
NVIDIA CUDA	Программно-аппаратная архитектура параллельных вычислений, которая позволяет существенно увеличить вычислительную производительность благодаря использованию графических процессоров фирмы Nvidia.
R	Язык программирования для статистической обработки данных и работы с графикой, а также свободная программная среда вычислений с открытым исходным кодом в рамках проекта GNU (инструкция).
Rocky Linux 9	Современный корпоративный дистрибутив Linux с открытым исходным кодом, обеспечивающий стабильную, безопасную и высокопроизводительную среду для выполнения научных вычислений и разработки программного обеспечения. Используется в качестве базовой операционной системы суперкомпьютера.
Java 8 JDK	Комплект разработчика приложений на языке Java, включающий в себя компилятор Java, стандартные библиотеки классов Java, примеры, документацию, различные утилиты и исполнительную систему Java.
Julia	Высокоуровневый высокопроизводительный свободный язык программирования с динамической типизацией, созданный для математических вычислений. Эффективен также и для написания программ общего назначения.

 Специализированные программные библиотеки