Программное обеспечение суперкомпьютера НИУ ВШЭ

Уважаемые пользователи!

Вы можете самостоятельно устанавливать программные пакеты в свой каталог на суперкомпьютере. В случае если у вашей научной группы есть сложности с установкой какого-либо открытого программного обеспечения на суперкомпьютер или если вы считаете, что какое-либо ПО должно быть установлено централизованно и быть доступным для всех пользователей, оставьте заявку на портале поддержки пользователей.

Для работы с установленным программным обеспечением используйте команду module (см. использование модулей).

Прикладное программное обеспечение

 

Наименование	Описание
Abinit	ПО для расчета оптических, механических, вибрационных и других наблюдаемых свойств материалов.
Amber	ПО для биомолекулярного моделирования.
BEAST, BEAST2	Программный пакет для филогенетического анализа с акцентом на масштабированные по времени деревья.
CP2K	Программный пакет для квантовой химии и физики твердого тела, предназначенный для выполнения атомистического моделирования твердотельных, жидких, молекулярных, периодических, материальных, кристаллических и биологических систем.
DeePMD-kit	Инструмент для исследования материалов на основе машинного обучения.
Elegant	ПО для моделирования и оптимизации работы ускорителей частиц, обеспечивающее точные расчеты траекторий пучков и динамики частиц в сложных системах.
fMRIPrep	Многофункциональный конвейер предварительной обработки данных магнитно-резонансной томографии (ФМРТ).
GNU Octave	Свободная система для математических вычислений, использующая совместимый с MATLAB язык высокого уровня.
GROMACS	Пакет программ  для моделирования физико-химических процессов в молекулярной динамике.
IQ-TREE	Программный пакет для филогенетического вывода с использованием критерия максимального правдоподобия (ML - maximum likelihood).
LAMMPS	Программный пакет для решения задач молекулярной динамики. Обеспечивает возможность расчётов особо крупных задач (до десятков миллионов атомов).
MATLAB Full Suite	Среда и язык технических расчетов, предназначенный для решения широкого спектра инженерных и научных задач любой сложности в любых отраслях. Дополнительно установлены библиотеки для расширения возможностей MATLAB.
OpenBUGS, JAGS	Программные пакеты для анализа байесовских иерархических моделей с использованием моделирования цепей Маркова Монте-Карло (MCMC).
Quantum ESPRESSO	Программный пакет для расчетов электронной структуры и моделирования материалов на наноуровне. Основан на теории функционала плотности, плоских волнах и псевдопотенциалах.
Smilei	Программное обеспечение для проведения сложных численных исследований в области физики плазмы.
Stata	Пакет статистического программного обеспечения общего назначения для обработки данных, визуализации, статистики и автоматизированной отчетности.

 Датасеты

 Пользователям суперкомпьютера доступны датасеты для обучения моделей.

Системное программное обеспечение

 Специализированные программные библиотеки 

• Операционная система: CentOS 7.9
• Программный пакет для администрирования суперкомпьютера: OpenHPC 1.3.6, Warewulf 3.8.1
• Менеджер сети InfiniBand: OpenSM 5.3.0
• Компиляторы: Intel oneApi 2022 (Parallel Studio), GNU Compilers Collection (версии: 14.1; 13.3; 12.1; 10.1.0 (поддержка GO и -std=c++20); 9.3.0 (поддержка GO и -std=c++17); 8.3.0; 7.3.0; 5.4.0)
• Библиотеки для параллельных вычислений: Open MPI 3/4/5 (рекомендуется), Intel MPI (рекомендуется), MVAPICH 2.3, MPICH 3.2
• Система управления заданиями: Slurm 23.02
• Системные профилировщики: Gprof 2.27-34, Perf 3.1
• Программное обеспечение для мониторинга: Nagios, Ganglia, Grafana, самостоятельно разработанное
• Управление пользовательским окружением: Lmod 8.1.18
• Поддержка GPU: драйверы Nvidia 535.86.10, CUDA 10/11/12
• Фреймворки машинного обучения: TensorFlow (+Keras), PyTorch и другие