fMRIPrep

👉Вернуться к списку инструкций

fMRIPrep - это многофункциональный конвейер предварительной обработки данных магнитно-резонансной томографии (ФМРТ), имеющий простой и удобный интерфейс.

fMRIPrep устойчив к изменениям в протоколах сбора данных сканирования и требует минимального пользовательского взаимодействия. Он выполняет основные этапы обработки (регистрация, нормализация, распаковка, извлечение шумовых компонентов, сегментация, выделение черепа и т.д.). Выходные данные, могут быть использованы для различных видов анализа, включая МРТ на основе задач или состояния покоя, измерения теории графов, статистику на основе поверхности или объема и т.д. По завершению работы fMRIPrep создаёт легкочитаемый и подробный отчёт.

Официальный сайт: https://fmriprep.org/

Доступные версии на суперкомпьютере НИУ ВШЭ:
* 22.0.2 (релиз от 27.09.2022)
* 21.0.4 (релиз от 29.09.2022)

Подключение модулей:

module load fmriprep/22.0.2
module load fmriprep/21.0.4

Тестовые исходные данные и sbatch-скрипты расположены на суперкомпьютере в каталоге /opt/software/fmriprep/examples

Пользователи: Международная лаборатория социальной нейробиологии

Выполнение расчётов на суперкомпьютере

На суперкомпьютере НИУ ВШЭ запуск fMRIPrep осуществляется через контейнер Singularity.
Для выполнения расчёта на суперкомпьютере необходимо подготовить скрипт-файл для очереди задач с запросом требуемых ресурсов (см. инструкцию по запуску задач на суперкомпьютере).
Пример sbatch-скрипта для запуска fMRIPrep на суперкомпьютере:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=fMRIPrep             # Название задачи
#SBATCH --time=01:00:00                 # Максимальное время выполнения
#SBATCH --cpus-per-task=4               # Количество CPU ядер
#SBATCH --nodes 1                       # Все CPU ядра будут на одном узле
#SBATCH --mail-user=ваша_почта          # Укажите ваш email для отправки уведомлений
#SBATCH --mail-type=END,FAIL            # События, требующие уведомления

module load fmriprep/21.0.4                   # Загрузка модуля fMRIPrep

cp /opt/software/fmriprep/license.txt $HOME   # Копирование лицензии FreeSurfer

singularity run $FMRIPREP_BIN $HOME/ds005_R2.0.0/ $HOME/output/ participant \
--participant-label sub-01 --fs-license-file $HOME/license.txt \
--nthreads $SLURM_CPUS_PER_TASK --omp-nthreads $SLURM_CPUS_PER_TASK

# В этом примере:
# $FMRIPREP_BIN - исполняемый файл fMRIPrep
# $HOME/ds005_R2.0.0/ - каталог с исходными данными
# $HOME/output/ - каталог с выходными данными
# participant --participant-label sub-01 - номер участника эксперимента
# --fs-license-file $HOME/license.txt - путь к файлу лицензии

Полезные ссылки