История изменений конфигурации суперкомпьютера "cHARISMa" НИУ ВШЭ

На данной странице протоколируются только наиболее существенные изменения конфигурации

Обновления в 1-3 кварталах 2023 года

• Установлено новое программное обеспечение - Abinit, Stata, Julia, Apertium, CP2K, schmutzi.
• Установлена новая версия MATLAB, OpenMPI.
• Установлены новые версии драйверов NVIDIA и фреймворка CUDA 12.2.
• Обновлён планировщик задач SLURM до версии 23.02.
• Подготовлен каталог с популярными датасетами.
• Внедрены технологии GPUDirect Copy и GPUDirect RDMA. Скорость обмена данными с GPU увеличилась до 238%, а задержка при передаче данных снизилась до 7 раз.
• Обновлено микропрограммное обеспечение управляющих и вычислительных узлов.
• Организовано подключение к исследовательской сети НИКС.

Обновления в 3-4 кварталах 2022 года

• Внедрена система мониторинга эффективности задач суперкомпьютера - HPC TaskMaster.
• Установлено новое программное обеспечение - LAMMPS, fMRIPrep.
• Обновлены версии программного обеспечения - GROMACS.
• Подготовлены окружения Python с набором наиболее часто используемых модулей - PyTorch, TensorFlow, Google Colab.
• Выполнена замена двух прецизионных кондиционеров в помещении суперкомпьютерного комплекса.

Обновления во 2 квартале 2022 года

• Обновлены ядро и релиз ОС на управляющих и вычислительных узлах.
• Установлены новые версии драйверов NVIDIA и фреймворка CUDA 11.7.
• Установлены новые версии драйверов Mellanox и программный стек вычислительной сети InfiniBand.
• Обновлён клиент файловой системы Lustre: скорость записи файлов увеличена на 11%.
• Обновлено микропрограммное обеспечение управляющих и вычислительных узлов.
• Обновлено системное программное обеспечение на управляющих узлах.

• В два раза увеличена скорость сети между суперкомпьютером и основным кампусом на Покровском бульваре, и в 4 раза - в Строгино.
• Устранены узкие места в сети, что повысило скорость доступа из Интернета.
• Организовано резервирование сетей. Обеспечена защита сети управления.
• Создана резервная копия данных и настроек суперкомпьютера.

• Установлена новая версия контейнерной платформы Singularity.
• Установлена новая версия программного пакета Anaconda.
• Выполнено развёртывание системы JupyterHub для запуска Jupyter-ноутбуков на вычислительных узлах суперкомпьютера.
• Установлена новая версия GROMACS.
• Установлен программный пакет Quantum Espresso.

• Проведена модернизация суперкомпьютера: добавлено шесть мощнейших вычислительных узлов HPE Apollo 6500 Gen10+ со 128 ядрами, 1ТБ ОЗУ и восемью графическими процессорами NVIDIA A100 80GB SXM в каждом.
• Модернизирована управляющая коммуникационная сеть и установлен сервер резервного копирования, выполнен плановый ремонт управляющего сервера параллельной системы хранения данных.
• Обновлено встроенное программное обеспечение всех коммутаторов и InfiniBand адаптеров вычислительной коммуникационной сети.
• Обновлен планировщик задач SLURM и ключевые версии интерфейса управления процессами PMIx.
• Установлены новые версии драйверов NVIDIA и фреймворка CUDA.
• Разработана базовая версия сервиса «Личный кабинет пользователя суперкомпьютера». Сервис позволит существенно упростить работу на суперкомпьютере и таким образом привлечь дополнительных пользователей.
• Проведено обновление версий микропрограммного обеспечения оборудования суперкомпьютерного комплекса.
• Выполнена реконфигурация сетевого оборудования с целью повышения надежности и производительности локальной сети.

• Разработана предварительная версия HPC TaskMaster - системы обнаружения неэффективных и некорректно запущенных вычислительных задач на суперкомпьютере.
• Доработан и утверждён регламент доступа к суперкомпьютерному комплексу НИУ ВШЭ.
• Установлен программный пакет Intel oneAPI 2021 Update 2
• Расширен функционал вспомогательных утилит checkquota, nodetypes и т.д.

• Проведена перерегистрация проектов и пользователей суперкомпьютерного комплекса НИУ ВШЭ.

• Разработана базовая система ограничений для пользователей суперкомпьютера (сотрудники и студенты теперь имеют разные лимиты на использование ресурсов).

• Установлен и настроен демонстраницонный сервер с графическими ускорителями NVIDIA A100 для проведения тестирования.

 В суперкомпьютер добавлено 14 новых узлов.

• Внедрена система регистрации пользователей суперкомпьютера в личном кабинете.
• Внедрён дополнительный параметр для постановки задач в очереди - тип узлов. Разработана утилита nodetypes для их отображения.
• Обновлены программные пакеты R 4.0.3, BEAST 2, MATLAB r2020b, Intel Parallel Studio Cluster Edition 2020 Update 4
• Установлены программные пакеты: JAGS, EEGLAB.

• Обновлена версия планировщика SLURM до новейшей версии 20.02.
• Обновлены пакеты pmix (версии 2.2.4, 3.1.5).
• Улучшены принципы формирования приоритетов задач.

• Реализована возможность просмотра квот на дисковое пространство с помощью команды checkquota.
• Установлено окружение для выполнения расчётов на языке программирования R версий 3.6.1 и 4.0.2.
• Установлены компиляторы GNU Compilers Collection версии: 10.1.0 (поддержка GO и -std=c++20) и 9.3.0 (поддержка GO и -std=c++17).
• Установлены программные пакеты MATLAB, BEAST, IQ-TREE, GNU Octave и библиотеки OpenPose, BEAGLE, libsndfile1, PRIMME,  MAGMA .
• Установлен программный тулбокс NVIDIA HPC SDK 20.7.
• Обновлены драйверы для NVIDIA Tesla V100 до версии 450.51.06.
• Обновлен пакет NV_peer_memory для multi-GPU задач до версии 1.10.
• Установлена CUDA 11.0 Update 1.

• Переработаны механизмы определения GPU на вычислительных узлах: теперь без явного выделения (ключи -G, --gpus) нельзя получить доступ к утилитам, использующим GPU (например, nvidia-smi и т.д.).
• Режим file-locking'а теперь доступен и на логин-сервере: программы, требующие данный режим (sqlite, ipython, nvprof, и тд), теперь могут корректно выполнять операции ввода-вывода.
• В тестовом режиме введен самостоятельно разработанный plugin для SLURM для анализа распределения процессов по вычислительным узлам. Теперь пользователи будут получать уведомления при запросе такого количества ядер, которое приведёт к блокировке GPU на вычислительных узлах.
• Обновлено программное обеспечение от производителя аппаратной части логин-сервера.

• Удалены все очереди, за исключением normal. Пользователям необходимо удалить ключ --partition (или -p) в своих скрипт-файлах sbatch.
• Переработаны механизмы постановки задач SLURM на вычислительные узлы для корректного определения ресурсов в случае запусков через ssh и salloc.
• Режим file-locking'а теперь доступен для домашних директорий (пока только на узлах): программы, требующие данный режим (sqlite, ipython, nvprof, и тд), теперь могут корректно выполнять операции ввода-вывода.
• Обновлён пакет Intel® Parallel Studio XE Cluster Edition for Linux 2020 до версии Update 1. Добавлен соответствующий модуль: INTEL/parallel_studio_xe_2020_u1_ce

• Измененение конфигурации очередей. В очереди normal теперь время расчёта по умолчанию составляет 1 день. Максимальное время - 30 дней. Для указания максимального времени при запуске задачи используйте ключ --time=дни-часы:минуты:секунды. Все остальные очереди, кроме normal, будут удалены во время профилактики 31.03.2020 г.
• Установлен пакет программ для моделирования физико-химических процессов в молекулярной динамике GROMACS с поддержкой GPU и MPI. Для использования подключите модуль GROMACS/2019.6.

• Драйверы GPU обновлены до последней версии - 440.33.01, теперь версии CUDA 10.1 и 10.2 доступны к использованию.
• Добавлен модуль CUDA/10.2 (CUDA10.2 также добавлена непосредственно в ОС каждого вычислительного узла).

• Установлен программный пакет Intel Parallel Studio XE Cluster Edition for Linux 2020. Добавлены модули INTEL/parallel_studio_xe_2020_ce и INTEL/parallel_studio_xe_2018_u2_ce.
• Установлен программный пакет Anaconda. Добавлены модули Python/Anaconda_v10.2019 и Python/Miniconda_v4.7.12.1.
• Установлены библиотеки и добавлены модули CUDA/10.0, OpenBlas/v0.2.20, OpenBlas/v0.3.0, OpenBlas/v0.3.7, CNpy/1.0.

• Исправлена ошибка, мещающая корректному поведению планировщика при работе c srun и --wrap (error: invalid generic resource (gres) specification).
• Теперь при запуске задач, не требущих GPU, флаг --gres (--gres=none, --gres=gpu) указывать не нужно.
• Для запуска srun доступны новые интерфейсы (--mpi=...): pmix_v1, pmix_v2 и pmix_v3 (v1=v1.2.5; v2=2.2.3; v3=v3.1.4).

• Обновлен планировщик задач SLURM до версии 19.05.5 и изменен plugin планирования GPU.
  Теперь при запуске задач доступны новые флаги:
  • --gpus (или -G) - количество GPU для задачи,теперь аналогично CPU
  • --gpus-per-node - количество GPU на каждый выделенный узел;
  • --gpus-per-task - количество GPU на подзадачу;
  • --cpus-per-gpu - количество CPU на каждый выделенный GPU;
  • --gpu-bind - привязка задач к указанным/ближайшим GPU;
  • --accel-bind=g - привязка задачи к ближайшей выделенному CPU GPU;
• Для задач, не использующих GPU и запускаемых через обертку srun в sbatch (--wrap или скипт-файл теперь нужно использовать --gres=none)
• pmix обновлен с 2.1.4 до 2.2.2, ведутся работы по наладке v3.1.4.

• Внедрена централизованная система авторизации LDAP.
• Улучшена политика групп UNIX, позволяющая формировать группы по проектам.
• GNU C Library (glibc) обновлена до версии 2.17-292.

• Оптимизация настроек планировщика с точки зрения распределения задач по узлам: теперь задачи нескольких пользователей могут работать на одном вычислительном узле, если ресурсов достаточно.
• Настройка правил безопастности, в частности запрет использования вычислительных узлов в обход планировщика.
• Очистка ОС вычислительных узлов от ненужных процессов.