• A
  • A
  • A
  • АБВ
  • АБВ
  • АБВ
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта

JAGS

👉Вернуться к списку инструкций

JAGS (Just Another Gibs Sampler) – программа для анализа байесовских иерархических моделей с использованием марковских цепей Монте-Карло. Является движком для использования языка BUGS в Unix-подобных окружениях, позволяет пользователям писать свои функции, распределения и обработчики.

Официальный сайт: http://mcmc-jags.sourceforge.net/

Доступные версии на суперкомпьютере НИУ ВШЭ:
4.3.0 - module load jags/v4.3.0

Тестовые исходные данные расположены в каталоге:   
/opt/software/jags/example/

Выполнение расчетов на суперкомпьютере

Так как JAGS активно использует R, перед выполнением расчетов необходимо установить в R пакет “coda”:
install.packages(“coda”)
Sbatch-скрипт для запуска в очереди openpose.sbatch:
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=jags # Название задачи
#SBATCH --error=jags-%j.err         # Файл для вывода ошибок
#SBATCH --output=jags-%j.log        # Файл для вывода результатов
#SBATCH --time=10:00                # Максимальное время выполнения
#SBATCH --ntasks 1                  # Количество MPI процессов
#SBATCH --nodes 1                   # Требуемое кол-во узлов
module load jags   # Загрузка модуля JAGS
module load R/v4.0.3    # Загрузка модуля R

# Выполнение расчёта на 1 ядре CPU
srun jags script.txt
srun Rscript plots.r
Для постановки задачи в очередь выполните команду sbatch jags.sbatch
Не забудьте скорректировать параметры в скрипте для своих расчетов! 
Посмотреть состояние своих задач можно с помощью команды mj
Сообщения, выводимые в процессе работы JAGS и R, будут записаны в файл jags-00000.log, а ошибки выполнения будут записаны в файл jags-00000.err (где 00000 - номер задачи в очереди).

 Результат в файле plots.png

Полезные ссылки

 

 

Нашли опечатку?
Выделите её, нажмите Ctrl+Enter и отправьте нам уведомление. Спасибо за участие!
Сервис предназначен только для отправки сообщений об орфографических и пунктуационных ошибках.