IQ-TREE

👉Вернуться к списку инструкций

IQ-TREE - программный пакет для филогенетического вывода с использованием критерия максимального правдоподобия (ML - maximum likelihood)
На суперкомпьютере установлена версия 2.0.4.
Пользователи: Международная лаборатория статистической и вычислительной геномики

Для использования IQ-TREE на суперкомпьютере выполните команду подключения модуля module load IQ-Tree/v2.0.4
Подготовьте скрипт-файл для очереди задач (см. инструкцию по запуску задач на суперкомпьютере).
В данном примере, расчёт будет производиться на 8 процессорных ядрах. В скрипт-файле необходимо подключить модуль IQ-TREE и запросить требуемые ресурсы.
Содержимое файла iq-tree.sbatch:

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=iq-tree        # Название задачи
#SBATCH --error=iq-tree-%j.err    # Файл для вывода ошибок
#SBATCH --output=iq-tree-%j.log   # Файл для вывода результатов
#SBATCH --time=1:00:00            # Максимальное время выполнения
#SBATCH -c 8                      # Требуемое кол-во CPU
#SBATCH --mail-user=ваша_почта    # Укажите ваш email для отправки уведомлений
#SBATCH --mail-type=END,FAIL      # События, требующие уведомления

module load IQ-Tree/v2.0.4        # Загрузка модуля IQ-TREE
iqtree2 -T AUTO -s turtle.fa      # Выполнение расчёта с автоматическим определением количества потоков.
# Файл turtle.fa доступен по адресу http://www.iqtree.org/workshop/data/turtle.fa

Для постановки задачи в очередь выполните команду sbatch iq-tree.sbatch
Посмотреть состояние своих задач можно с помощью команды mj
После окончания расчёта в текущем каталоге появится файл iq-tree-00000.log (где 00000 - номер задачи в очереди) с сообщениями, выводимыми в процессора работы IQ-TREE. Сообщения об ошибках будут записаны в файл iq-tree-00000.err.
Результаты выполнения расчёта будет сохранёны в каталоге с исходными данными:
* turtle.fa.iqtree - основной отчёт, в который записываются результаты вычисления. Также содержит текстовую репрезентацию финального дерева.
* turtle.fa.treefile - ML-дерево в формате NEWICK.
* turtle.fa.ckp.gz - файл-чекпоит для восстановления прерванного расчёта.
Анализа результатов может быть произведён с помощью FigTree (http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/).

Подробные руководства по применению IQ-TREE для решения различных задач доступны на официальном сайте.

Полезные ссылки