• A
  • A
  • A
  • АБВ
  • АБВ
  • АБВ
  • А
  • А
  • А
  • А
  • А
Обычная версия сайта

ANGSD

👉Вернуться к списку инструкций

ANGSD (Analysis of Next Generation Sequencing Data) — это мощная утилита для анализа данных секвенирования нового поколения, разработанная для работы с неопределёнными или низкопокрытыми данными без предварительного вызова генотипов. Программа поддерживает различные форматы входных данных (например, BAM, VCF) и использует вероятностные методы для оценки частот аллелей, гетерозиготности, статистик популяционной генетики (Fst, π, θ, Tajima’s D и др.), тестов на отбор и демографию. ANGSD масштабируется для анализа больших популяций и подходит для работы с древней ДНК, не модельными организмами и метагеномикой.
Официальный сайт: http://www.popgen.dk/angsd/index.php/ANGSD

Доступные версии на суперкомпьютере НИУ ВШЭ

module load angsd/v0.940 # ANGSD версии 0.940

Обновление версий производится по запросу пользователей. 

Пользователи: Международная лаборатория статистической и вычислительной геномики, любые подразделения НИУ ВШЭ.

Ключевые особенности

  • Работа с неопределёнными данными — анализ без вызова генотипов, напрямую с вероятностями оснований и генотипов.

  • Поддержка множества форматов — входные данные в форматах BAM, VCF, BED и др.

  • Популяционно-генетический анализ — вычисление частот аллелей, Fst, π, θ, гетерозиготности и других параметров.

  • Тесты на отбор и демографию — поддержка статистик Tajima’s D, Fay and Wu’s H и др.

  • Анализ inbreeding и ассоциаций — оценка родства, внутренних скрещиваний и связи с фенотипами.

  • Подходит для низкопокрытых и сложных образцов — особенно полезна при анализе древней ДНК, не модельных организмов, метагеномики.

  • Гибкие возможности вменения — работа с вероятностями генотипов и вменение пропущенных данных.

Дополнительная информация


 

Нашли опечатку?
Выделите её, нажмите Ctrl+Enter и отправьте нам уведомление. Спасибо за участие!
Сервис предназначен только для отправки сообщений об орфографических и пунктуационных ошибках.