ANGSD
👉Вернуться к списку инструкций
ANGSD (Analysis of Next Generation Sequencing Data) — это мощная утилита для анализа данных секвенирования нового поколения, разработанная для работы с неопределёнными или низкопокрытыми данными без предварительного вызова генотипов. Программа поддерживает различные форматы входных данных (например, BAM, VCF) и использует вероятностные методы для оценки частот аллелей, гетерозиготности, статистик популяционной генетики (Fst, π, θ, Tajima’s D и др.), тестов на отбор и демографию. ANGSD масштабируется для анализа больших популяций и подходит для работы с древней ДНК, не модельными организмами и метагеномикой.
Официальный сайт: http://www.popgen.dk/angsd/index.php/ANGSD
Доступные версии на суперкомпьютере НИУ ВШЭ
module load angsd/v0.940 # ANGSD версии 0.940
Обновление версий производится по запросу пользователей.
Пользователи: Международная лаборатория статистической и вычислительной геномики, любые подразделения НИУ ВШЭ.
Ключевые особенности
-
Работа с неопределёнными данными — анализ без вызова генотипов, напрямую с вероятностями оснований и генотипов.
-
Поддержка множества форматов — входные данные в форматах BAM, VCF, BED и др.
-
Популяционно-генетический анализ — вычисление частот аллелей, Fst, π, θ, гетерозиготности и других параметров.
-
Тесты на отбор и демографию — поддержка статистик Tajima’s D, Fay and Wu’s H и др.
-
Анализ inbreeding и ассоциаций — оценка родства, внутренних скрещиваний и связи с фенотипами.
-
Подходит для низкопокрытых и сложных образцов — особенно полезна при анализе древней ДНК, не модельных организмов, метагеномики.
-
Гибкие возможности вменения — работа с вероятностями генотипов и вменение пропущенных данных.
Дополнительная информация
- Страница проекта ANGSD
- Инструкция по работе с системой мониторинга эффективности HPC TaskMaster
Нашли опечатку?
Выделите её, нажмите Ctrl+Enter и отправьте нам уведомление. Спасибо за участие!
Сервис предназначен только для отправки сообщений об орфографических и пунктуационных ошибках.