Геномный анализ структуры популяций и его приложения
Заказчики
Программа фундаментальных исследований НИУ ВШЭИсполнитель
Международная лаборатория статистической и вычислительной геномикиРуководитель проекта
Щур Владимир ЛьвовичЦель исследования
Изучений свойств и истории популяций (включая популяции человека и коронавируса SARS-CoV-2) из геномных последовательностей, а также разработка методов и программного обеспечения для моделирования и анализа геномов.
Результат
- Проанализирована геномная эпидемиология начала пандемии коронавируса в России.
- Разработано программное обеспечение для моделирования генеалогий патогенов в условиях глобальной пандемии https://github.com/Genomics-HSE/VGsim.
- Разработан прототип платформы для глубокого обучения из полногеномных последовательностей.
- Изучена генетическая история коренных народов южного конуса Южной Америки.
- Разработаны теоретическая модель, метод и программное обеспечение для оценки времен множественного примешивания из неравновесного сцепления трех локусов https://github.com/Genomics-HSE/LaNeta.
Публикации
- Komissarov, A.B., Safina, K.R., Garushyants, S.K. et al. Genomic epidemiology of the early stages of the SARS-CoV-2 outbreak in Russia // Nature Communications, 2021 (Q1)
- Khomutov E., Arzymatov K., Shchur V. Deep learning based methods for estimating distribution of coalescence rates from genome-wide data // Journal of Physics: Conference Series, 2021 (Q3)
- Liang M., Shishkin M., Mikhailova A., Shchur V., Nielsen R. Estimating the timing of multiple admixture events using 3-locus Linkage Disequilibrium // PLoS Genetics, 2022 (Q1)
- Vicuña L., Mikhailova A., Norambuena T., Shchur V. et al. Genomic insights into the recent population history of Mapuche Native Americans // eLife, 2022
- Shchur V, Spirin V, Sirotkin D, Burovski E, De Maio N, Corbett-Detig R. VGsim: Scalable viral genealogy simulator for global pandemic // PLoS Computational Biology, 2022 (Q1)
- Shchur V., Arzymatov K., Khomutov E. Deep learning for inferring distribution of time to the last common ancestor from a diploid genome // Lobachevskii Journal of Mathematics, 2022 (Q3)
Рисунки
Нашли опечатку?
Выделите её, нажмите Ctrl+Enter и отправьте нам уведомление. Спасибо за участие!
Сервис предназначен только для отправки сообщений об орфографических и пунктуационных ошибках.